Strategi yang dijalankan operasional karantina tumbuhan dan keamanan hayati nabati diantaranya penguatan system perkarantinaan melalui tindakan karantina pre-border, at-border dan post-border. Tindakan karantina ini selain merujuk kepada standar nasional, juga internasional yang dikeluarkan oleh sekretariat internasional plant protection convension, convension biodiversity, CODEX dan standar lainnya yang relevan.