Samarinda adalah ibukota Provinsi Kalimantan Timur. Berbatasan langsung dengan Kabupaten Kutai Kartanegara, Kota Samarinda dapat dicapai melalui perjalanan darat, laut dan udara. Di samping itu, dengan Sungai Mahakam yang membelah di tengah kota, Samarinda juga merupakan gerbang menuju pedalaman Kalimantan Timur.

Kegiatan karantina pertanian di Samarinda diawali pada tahun 1971 dengan terbitnya Keputusan Menteri Pertanian No. 171, di mana dibentuk Kantor Cabang Karantina Tumbuhan Samarinda, yang kemudian berkembang menjadi Stasiun Karantina Tumbuhan Samarinda pada tahun 1973. Sedangkan kegiatan karantina hewan diawali pada tahun 1985 dengan ditetapkannya Pos Karantina Hewan Samarinda hasil integrasi awal ke dalam Pusat Karantina Pertanian.

Perubahan terakhir terjadi dengan terbitnya Peraturan Menteri Pertanian No. 22/Permentan/OT.140/4/2008 tanggal 3 April 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Karantina Pertanian, di mana Stasiun Karantina Hewan Kelas II Samarinda dan Stasiun Karantina Tumbuhan Kelas I Samarinda bergabung menjadi satu unit pelaksana teknis dengan nama Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Samarinda, dengan wilayah kerja yang meliputi Bandar Udara International APT Pranoto, Pelabuhan Laut Bontang, Pelabuhan Laut Sangata, Pelabuhan Sungai Samarinda, dan Kantor Pos Samarinda.

SKP Kelas I Samarinda saat ini berada dibawah kepemimpinan  Drh. Agus Sugiyono, seorang karantinawan dengan pengalaman yang luas di bidangnya. Dalam menjalankan tugas hariannya, Kepala Stasiun dibantu oleh Kepala Urusan Tata Usaha, Kepala Sub-Seksi Pelayanan Operasional dan Kelompok Jabatan Fungsional.