VISI DAN MISI
- Melindungi kelestarian sumberdaya alam hayati hewani dan nabati;
- Mendukung keberhasilan program pengembangan agribisnis dan peningkatan ketahan pangan nasional;
- Memfasilitasi kelancaran perdagangan/pemasaran produk agribisnis;
- Mewujudkan pelayanan prima kepada masyarakat;
- Mendorong partisipasi masyarakat dalam penyelenggaraan perkarantinaan pertanian.
Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Samarinda merupakan unit eselon IV dibawan unit Eselon I yaitu Badan Karantina Pertanian Kementerian Pertanian dan bertanggungjawab penuh terhadap Badan Karantina Pertanian.